W połowie lat 90. rozpoczął się zupełnie nowy etap przygody trenerskiej Michela. Najpierw po zwolnieniu Jules'a Nyonghy na kilka miesięcy przed mundialem 1994 został selekcjonerem Kamerunu, a później przez pięć lat trenował piłkarzy Maroka, z którymi w 1998 roku grał w finałach mistrzostw świata. Był również selekcjonerem Zjednoczonych Emiratów Arabskich. W 2001 roku na krótko powrócił do Europy, ale w greckim Arisie Saloniki pożegnano się z nim już po kilku pierwszych meczach. W tym samym roku wywalczył z Tunezją awans na mundial 2002, ale szefowie federacji cztery miesiące przed turniejem postanowili go zdymisjonować. Oficjalnym powodem był słaby występ reprezentacji w Pucharze Narodów Afryki.

W 2003 roku prowadzona przez niego marokańska Raja Casablanca sięgnęła po najcenniejsze klubowe trofeum w futbolu afrykańskim – Puchar Mistrzów Afryki.

Od 2004 do 2006 roku był selekcjonerem Wybrzeża Kości Słoniowej, z którym pierwszy raz w historii wywalczył awans do mistrzostw świata. Na cztery miesiące przed turniejem drużyna WKS wywalczyła wicemistrzostwo kontynentu na rozgrywanym w Egipcie Pucharze Narodów Afryki. W Niemczech "Słonie" przegrały dwa pierwsze spotkania (z Holandią i Argentyną), więc zwycięstwo w ostatnim z Serbią i Czarnogórą 3:2 miało wyłącznie charakter prestiżowy.