Kolejna seria, którą rozpoczynała wersja 2.0 była już systemem oderwanym od Slackware. System został wydany 9 kwietnia 2005 roku, wywołując skandal swoją nazwą kodową. Wiele osób mylnie skojarzyło nazwę Zyklon z Zyklon-B, oskarżając twórców systemu o związek z organizacjami faszystowskimi. Ponieważ w Kate_Teamie były jedynie osoby, których rodziny były ofiarami II wojny światowej sytuacja bardzo szybko się wyjaśniła. Choć wiele osób kojarzy nazwę kodową serii z deathmetalowym zespołem Zyklon, nazwa ta powinna w tym przypadku być kojarzona z niemieckim słowem oznaczającym cyklon (huragan). Dzięki temu drobnemu zamieszaniu, projekt uzyskał większy rozgłos i rozpoczął się okres dynamicznego rozwoju Kate Linux. Kate 2.0 po raz pierwszy posiadał rozszerzone pakiety TGZex, które były gotowe do zdalnej aktualizacji. Z powodu zamieszania w Kate_Teamie 2.0 został wydany bez narzędzia wykorzystującego możliwości tych pakietów. Wersja 2.0 była wydaniem perspektywicznym, bazą dla kolejnych modyfikacji systemu. Była to także pierwsza wersja używająca jądra Linux 2.6.
6 maja 2005, projekt zmienił nazwę na KateOS. Zmiana była wymuszona konfliktem nazwy z edytorem tekstu KDE (kate).