21 grudnia 2006 wydano wersje 3.2 w której oprócz poprawek i aktualizacji zaprezentowano nowe narzędzie KatePKG. KatePKG to narzędzie graficzne do zarządzania pakietami KateOS, napisane w PHP przy użyciu biblioteki PHP-GTK. Nowa aplikacja pozwalała w prosty sposób instalować, aktualizować i usuwać pakiety. Program obsługiwał dowolną liczbę repozytoriów, także tych utrzymywanych lokalnie na dysku twardym. Dodatkowo biblioteka libsmarttools została poddana gruntownemu przeglądowi i optymalizacji, dzięki czemu korzystające z niej aplikacje (w tym Updateos2) pracowały nawet do 60% szybciej. Kolejną istotną zmianą było przejście na nowy program rozruchowy. Porzucono LILO na rzecz programu GRUB, mając nadzieję, że spełni on lepiej wymagania użytkowników i uprości proces aktualizacji jądra systemowego. Polscy użytkownicy KateOS dodatkowo otrzymali skrypt ułatwiający konfigurację popularnej usługi Neostrada.
17 września 2007 wydano wersję 3.6: oprócz licznych aktualizacji i poprawek dodano w niej możliwość programowej hibernacji systemu, nowe graficzne narzędzie do konfiguracji sieci KateLAN, a initrd został zastąpiony przez initramfs.