Podczas potopu szwedzkiego namawiał hetmana do opowiedzenia się po stronie Rzeczypospolitej, potem poparł go jednak przeciw Polsce. Wobec coraz bardziej prawdopodobnych planów rozbioru Polski (traktat w Radnot) i związanej z tym możliwości powstania suwerennej Ukrainy, przyłączył się do wojsk księcia siedmiogrodzkiego Jerzego II Rakoczego, pozostając przy nim aż do klęski w bitwie pod Czarnym Ostrowem w 1657 roku. Poparł unię hadziacką, był zwolennikiem Iwana Wyhowskiego; Jerzego Chmielnickiego popierał do czasu, gdy ten, łamiąc unię hadziacką, postanowił związać się z Moskwą. Walczył po stronie polskiej z Rosjanami, został jednak usunięty ze stanowiska, pozbawiony tytułu pułkownika i uwięziony w Malborku. Uwolniony w 1663 roku, uczestniczył w zmaganiach z promoskiewskim Iwanem Brzuchowieckim. Rozstrzelany 27 lutego 1664 roku w obozie pod Nowogrodem Siewierskim pod zarzutem zdradyZbigniew Wójcik, Traktat Andruszowski 1667 i jego geneza Warszawa 1959, s. 147..
thumb|165px|Iwan Bohun wydostaje z okrążenia resztki wojsk kozackich w czasie bitwy pod Beresteczkiem, 1651
Posłużył Henrykowi Sienkiewiczowi za pierwowzór bohatera powieści Ogniem i mieczem, Jurka Bohuna.