W latach 1996–1998 piastował urząd wicepremiera Federacji Rosyjskiej, który łączył kolejno z funkcją przewodniczącego Państwowego Komitetu ds. Nauki i Technologii oraz teką ministra nauki i technologii. Od 1998 do 2005 był przewodniczącym Komisji Federacji Rosyjskiej ds. UNESCO.
Był wyróżniony m.in. Nagrodą Państwową ZSRR (1988), Nagrodą Państwową Federacji Rosyjskiej (1997), Nagrodą Rządu FR (1997, 1999, 2003, 2010), orderem Legii Honorowej (2006), Orderem Aleksandra Newskiego (2013), Orderem „Za zasługi dla Ojczyzny” I klasy (2017)Поздравляем Фортова Владимира Евгеньевича с награждением орденом «ЗА ЗАСЛУГИ ПЕРЕД ОТЕЧЕСТВОМ» (I СТЕПЕНИ)., złotym medalem UNESCO im. Einsteina (2004). W 1999 został honorowym obywatelem Nogińska. W 1994 jego imieniem nazwano planetoidę (3813) FortovCopyright 2016–2018 by the Institute of Computer Science..
Zmarł na COVID-19Коронавирус в России: почти 27 тысяч заболевших, скончался бывший президент РАН Владимир Фортов.. Został pochowany na Cmentarzu Nowodziewiczym w MoskwieФОРТОВ Владимир Евгеньевич (1946 – 2020)..