Dla wojska nabożeństwa odbywały się do południa, a dla ludności cywilnej w godzinach popołudniowych. W 1782 wybudowano również nowy budynek szkoły elementarnej do nauki dzieci rodzin ewangelickich.
W czasie wojen napoleońskich, w latach 1807–1809, kościół został zamieniony na wiele miesięcy w magazyn. W tym czasie nabożeństwa ewangelickie sprawowane były w kościele katolickim św. Trójcy. Po wojnach napoleońskich z powrotem odremontowano kosztem 600 talarów ratuszowy kościół, a od dnia 7 sierpnia 1809 roku parafia otrzymała po raz pierwszy cywilnego proboszcza – urodzonego w Dzierzgoniu ks. Augusta Theodora Siemienowskiego. Posługiwał on do 1824 roku, po czym został przeniesiony do Czechowa koło Iławy Pruskiej, gdzie pozostał do śmierci w 1836 roku. Kolejnymi proboszczami w Braniewie byli: ks. Eduard Krach (tylko 4 lata, zm. 1828), ks. Ferdinand Bock (1829–1845), ks. Liedke (1847–1853) i ks. Johann Ferdinand Herrmann (od 1853). Co ciekawe, nauczali oni również religii w wymiarze 4 godzin tygodniowo uczniów ewangelickich w katolickim gimnazjum w Starym Mieście (np. w 1813 było ich 19)Johann Joseph Braun Geschichte des Königlichen Gymnasiums zu Brausberg während seines dreihundertjährigen Bestehens. Fest-Programm, womit zu der Dienstag den 4. Juli 1865 stattfindenten Feierr des dreihundertjährigen Jubiläums dieser Anstalt, s.