Komory amunicyjne były od góry chronione pancerzem 80 mm.
Opancerzenie poziome i pionowe teoretycznie zapewniało całkowitą ochronę kadłuba przeciw niemieckim pociskom kalibru 203 mm na dystansach powyżej 17.700 m (na bliższych mógł zostać przebity pancerz burtowy), podczas gdy pociski „Algerie” mogły przebić pancerz burtowy znacznie większych niemieckich krążowników ciężkich typu Admiral Hipper do odległości 19.500 m, a ich pokład pancerny z odległości powyżej 14.200 m.
Opancerzenie uzupełniał zaawansowany system biernej ochrony przeciw wybuchom podwodnym, wyjątkowy dla okrętów tej klasy, o głębokości (grubości) po 5,1 m od burt do wewnątrz kadłuba. Jego głównym elementem były podłużne grodzie grubości 40 mm, ciągnące się wzdłuż burt od dna do pokładu pancernego. Gródź chroniła siłownię, barbety artylerii i komory amunicyjne. Między grodziami a burtami były zbiorniki paliwa i puste przedziały, stanowiące element ochrony przeciwtorpedowej.
Jedyną wadą okrętu w porównaniu ze starszymi francuskimi krążownikami były nieco gorsze własności morskie, z powodu mniejszych wymiarów i obniżonych burt w części dziobowej, gdyż w odróżnieniu od nich, „Algérie” miał konstrukcję gładkopokładową.