W latach 60. drużyna Spartaka wywalczyła dwa razy mistrzostwo kraju. Kolejna dekada przyniosła wielki kryzys i w 1976 roku Spartak spadł z elity. Powrót Spartaka był natychmiastowy i w 1979 roku zdobył on mistrzostwo pokonując Dynamo Kijów. Nową historię klub pisał już po rozpadzie Związku Radzieckiego, kiedy to stał się hegemonem nowo utworzonej Top Dywizji w Rosji. W pierwszych 10 latach jej istnienia zespół Spartaka wywalczył 9 razy mistrzostwo i reprezentował Rosję w rozgrywkach Ligi Mistrzów, Pucharu UEFA i Pucharu Zdobywców Pucharów.
Problemy zaczęły się wraz ze śmiercią prezesa klubu Nikołaja Starostina, który powierzył całą opiekę nad drużyną trenerowi Olegowi Romancewowi. Spartak popadł w kłopoty finansowe, a przejął go bogaty biznesmen Andriej Czerwiczenko, który traktował klub jako pralnię brudnych pieniędzy. Wraz z jego odejściem 2004 roku Spartak zaczął powoli odzyskiwać dawną pozycję i w 2005 zdobył wicemistrzostwo Rosji, pozbawiając go w ostatniej kolejce Lokomotiw Moskwa i kwalifikując się do eliminacji do Ligi Mistrzów 2006/2007.