Nieodpowiedni sposób odżywiania i higieny codziennej wpływał na zły stan uzębienia więźniów.
Ze względu na brak odpowiedniej dokumentacji trudno jest ustalić umieralność i zachorowalność w Starym Obozie, jednak wiadomo, że od czerwca 1942 do lipca 1943 były one wysokie. Na podstawie zachowanych danych wiadomo, że do końca lipca 1943 w obozie zmarło 56 osób.
Podczas istnienia Nowego Obozu Warunki życia w obozie poprawiły się pod koniec 1943, kiedy oberkapem obozu został Anton Köhl, a Polacy przejęli większość stanowisk funkcyjnych, zajmowanych wcześniej przez niemieckich zbrodniarzy. Warunki bytowe poprawiły się również po utworzeniu w styczniu 1944 ambulatorium kierowanego początkowo przez dr. Lecha Duszyńskiego, a następnie przez dr. Stanisława Kruszewskiego. Życie obozowe stało się wtedy znacznie bardziej liberalne w porównaniu z okresem istnienia Starego Obozu, kiedy oberkapem obozu był niejaki Narius. W czasie istnienia Nowego Obozu rozwijała się półoficjalnie działalność kulturalna m.in. odbywały się wydarzenia literackie oraz zawody w zapasach i boksie.
Zamordowanie estońskiego więźnia przez oberkapa Köhla stało się znane w całym Stutthofie i spowodowało przerwanie czasu względnego spokoju w obozie.