Od 4 września 1939 grzebano na Zaspie zwłoki więźniów obozu w Stutthofie i innych miejsc kaźni (zmarłych ze Stutthofu przewożono tu i chowano tylko do czasu uruchomienia 10 września 1942 obozowego krematorium). W latach 1944–1945 chowano tu więźniów zmarłych w podobozach Stutthofu na Przeróbce i w Kokoszkach oraz osoby zmarłe bądź stracone w gdańskich więzieniach. Liczba pochowanych na Zaspie ofiar narodowego socjalizmu szacowana jest u różnych autorów na 6000 do 14 000.
thumb|220px|right|Pomnik kolejarzy i celników zamordowanych w Szymankowie Po 1945 cmentarz stał się miejscem pamięci narodowej. W 1951 teren został uporządkowany i podzielony na 55 kwater, przy czym zlikwidowano wcześniejsze nagrobki zamieniając je w mogiły zbiorowe. Na cmentarz przenoszono też szczątki szczególnie zasłużonych osób, ekshumowanych w różnych miejscach, np. kolejarzy i celników zamordowanych 1 września 1939 w Szymankowie, czy też ofiary zbiorowych egzekucji działaczy polskich w lesie koło Stutthofu 11 stycznia i 22 marca 1940. Dokonywano też sporadycznie pochówków osób zmarłych po wojnie, związanych z walkami i martyrologią Polaków w latach 1939–1945. Oficjalnie cmentarz został zamknięty w 1956, ale jeszcze po tej dacie pochowany został Piotr Buder – we wrześniu 1939 r.