IFR PAN wyposażony jest w zamknięte komory fitotronowe, dzięki zaś współpracy z Katedrą Fizjologii Roślin, Hodowli i Nasiennictwa UR ma dostęp do otwartych poletek wegetacyjnych oraz tuneli szklarniowych. Instytut dysponuje także szeregiem nowoczesnych laboratoriów, gdzie wykonywane są analizy chemiczne, biochemiczne, oraz pomiary parametrów fizjologicznych roślin takich jak parametry wzrostu i rozwoju, fluorescencji chlorofilu czy wymiany gazowej. Instytut dysponuje również szeregiem mikroskopów świetlnych i fluorescencyjnych, w tym mikroskopem konfokalnym. Instytut dysponuje zapleczem do prowadzenia badań kultur roślinnych in vitro, oraz kultur zawiesinowych. W Instytucie prowadzone są także badania transkryptomiczne z użyciem metody RT-PCR, oraz badania proteomiczne (elektroforeza 2D).
Struktura Instytutu Instytut Fizjologii Roślin im. Franciszka Górskiego PAN organizacyjnie podzielony jest na pięć Zakładów:
– Zakład Biologii Rozwoju
– Zakład Biologii Komórki
– Zakład Biotechnologii
– Zakład Biologii Stresu
– Zakład Ekofizjologii
W obrębie Instytutu funkcjonuje także Międzyinstytutowe Laboratorium Biotechnologii i Katalizy Enzymatycznej, które organizuje badania pomiędzy IFR PAN a Instytutem Katalizy i Fizykochemii Powierzchni im.