przegrał w trzech setach z Đokoviciem. Pod koniec kwietnia wygrał turniej w Walencji, pokonując w finałowym pojedynku Nicolása Almagro, natomiast w maju osiągnął ćwierćfinał Rolanda Garrosa, gdzie mecz o dalszą fazę rozgrywek przegrał z Gaëlem Monfilsem. W tym samym miesiącu osiągnął również finał zawodów w Barcelonie, jednak w finale nie sprostał Nadalowi. W czerwcu zdobył tytuł na kortach trawiastych w 's-Hertogenbosch.

Rok 2009 Ferrer ukończył bez wygranego turnieju. Doszedł do dwóch finałów, w Dubaju (porażka z Đokoviciem) oraz Barcelonie (porażka z Nadalem).

W lutym 2010 roku Hiszpan osiągnął dwa turniejowe finały, najpierw w Buenos Aires, przegrywając finałowe spotkanie z Juanem Carlosem Ferrero, a następnie w Acapulco. Po drodze wyeliminował m.in. Fernando Gonzáleza, a w finale Ferrero, rewanżując się tym samym za porażkę w Buenos Aires. Na początku maja Ferrer doszedł do finału zawodów w Rzymie, turnieju rangi ATP World Tour Masters 1000. Hiszpan wyeliminował m.in. Andy’ego Murraya, Jo-Wilfrieda Tsongę i Fernando Verdasco;