W pałacu 2 stycznia 1656 r. Męcińscy, posiadający część Dukli, gościli Króla Polski Jana Kazimierza, powracającego ze Śląska w czasach potopu szwedzkiego. Król z Dukli udał się do Krosna, a potem przez Łańcut do Lwowa, gdzie złożył Śluby Lwowskie. Trzy miesiące później, na początku marca 1656 roku, uciekając przed Szwedami ksieni benedyktynek w Jarosławiu Anna KostczankaMałgorzata Borkowska, Zakonnice pominięte przez Dworzaczka, „ Nasza Przeszłość” Wyd. Instytut Teologiczny Księży Misjonarzy. Kraków 2002, tom 98, s. 284, 285. (córka Krzysztofa Kostki i Anny Pileckiej) wraz ze zgromadzeniem sióstr zakonnych schroniła się w Dukli i tutaj zmarła 31 marca 1656. Rok później, 16 marca 1657 r. wojska Jerzego II Rakoczego złupiły Duklę. W 1661 roku w czasie epidemii zmarł Franciszek Mniszech.
Dukla była miastem zdecydowanie katolickim. Na przełomie XVII i XVIII w. powstał dekanat dukielski greckokatolickiej diecezji przemyskiej, obejmujący powierzchnię 1026 km². Liczył 28 parafii, obejmujących 45 wsi i przysiółków. Chociaż Dukla była stolicą dekanatu, nie było w niej cerkwi unickiej, a nieliczni dukielscy unici należeli do parafii w Tylawie.