Zarodniki 7,5–12,5 × 4–5 µm, pipetowate, gładkie, amyloidalne. Cheilocystydy 20–40 × 7–20 µm, tworzące sterylne pasmo, maczugowate, spiczaste z czerwonawą zawartością, pokryte dość licznymi, prostymi, rzadko rozgałęzionymi, cylindrycznymi naroślami o nierównej długości 2–13,5 × 0,5–1 μm. Pleurocystyd brak. Trama blaszek dekstrynoidalna, w odczynniku Melzera brązowawo-winna. Strzępki włosków kapelusza o szerokości 2–10 µm, gęsto pokryte brodawkami lub krótkimi, cylindrycznymi wybrzuszeniami o szerokości 0,5–2 × 0,5 µm, na brzegu kapelusza zakończone cystydami podobnymi do cheilocystyd. Strzępki warstwy korowej trzonu o szerokości 2–5 μm, gęsto pokryte prostymi cylindrycznymi wybrzuszeniami 1–3 × 0,5–1 μm, komórki końcowe słabo rozdęte. W strzępkach liczne sprzążki. Gatunki podobne Grzybówka paprociowa jest łatwa do zidentyfikowania ze względu na występowanie na rozkładających się łodygach paproci, niewielki rozmiar, różową barwę kapelusza i trzonu oraz różowe ostrza blaszek. Sporadycznie można znaleźć białe okazy rosnące wśród owocników o normalnym zabarwieniu. Na paprociach rośnie także Mycena lohwagii, ale ma kapelusz o barwie od bladobrązowej do białej i większą liczbę blaszek dochodzących do trzonu.