W latach 80. XX wieku planowano rozbudowę bakijskiej kolei dziecięcej, tak by jej trasa okalała cały park, jednak planów nie zrealizowano ze względu na rzeźbę terenu, która wymagałaby mocniejszych lokomotyw. W 1987 roku kolej przez krótki okres była w posiadaniu lokomotywy TU7. Po upadku Związku Radzieckiego zmieniono nazwę parku oraz jednej ze stacji („Komsomolska” na „Zoopark”).
Od 1992 roku kolej zaczęła mieć problemy z finansowaniem swojej działalności. W latach 1995–1996 zaprzestano prowadzenia naboru dzieci do klubów młodych kolejarzy, a liczbę dorosłych pracowników zredukowano do minimum (2–3 osoby). Kolej dysponowała wówczas tylko jedną lokomotywą, której stan pozostawiał wiele do życzenia, oraz jednym sprawnym wagonem. Ze względu na awarię ponad dwudziestoletniego systemu bezpieczeństwa, pociągi były obsługiwane już tylko przez osoby dorosłe. W celu maksymalnej oszczędności zaczęto drogę powrotną pokonywać tyłem (wagonem do przodu), aby nie tracić paliwa na zbędne manewry.