Senatorowie nie zgodzili się na zatrzymanie i tymczasowe aresztowanie Stanisława Koguta, o co wnioskował prokurator, w związku z tym zastosował wobec niego zakaz opuszczania kraju i poręczenie majątkowe w wysokości 1 miliona złotych, które zostało wpłacone.
W wyborach w 2019 kandydował jako niezależny, nie uzyskując reelekcji. W styczniu 2020 został zatrzymany przez funkcjonariuszy CBA.
Zmarł 18 października 2020 w Szpitalu Specjalistycznym im. Henryka Klimontowicza w Gorlicach. Przebywał w tej placówce w związku z zapaleniem płuc, zdiagnozowano u niego następnie COVID-19. Doznał następnie rozległego zawału serca, który stał się główną przyczyną śmierci. 25 października 2020 został pochowany na cmentarzu parafialnym w Stróżach.
W 2025 wydano upamiętniającą polityka publikację książkową pt. Inni mówią, a ja robię. Stanisław Kogut.
Odznaczenia i wyróżnienia Złoty Krzyż Zasługi (2004). Srebrny Krzyż Zasługi (1999). „Człowiek Roku” według czytelników „Gazety Krakowskiej” (1999) Medal Świętego Brata Alberta (za 2000) Nagroda Pro Publico Bono (2001, za działalność Fundacji Pomocy Osobom Niepełnosprawnym w Stróżach) Nagroda im.