Modernizacja Przez większość służby patrolowce nie przechodziły głębokich modernizacji. Pewne zmiany dotyczyły instalacji nowego systemu łączności oraz nawigacji w celu zintegrowania obu jednostek z systemem ZSRN – Zautomatyzowanego Systemu Radarowego Straży Granicznej. SG starała się w latach 2007–2009 o pozyskanie dwóch fabrycznie nowych jednostek patrolowych o większych możliwościach niż używane jednostki SKS-40, jednak plan ten nie został zrealizowany. Poszukiwania następcy patrolowców proj. SKS-40 wynikało z nałożenia większego zakresu obowiązków na MOSG, w tym zwalczania zanieczyszczeń na morzu i patrolowania granic morskich Rzeczypospolitej Polskiej. Finalnie po fiasku planów zakupu nowych jednostek, zdecydowano się na głęboką modernizację patrolowców SKS-40 w taki sposób, aby były zdolne do realizacji tych zadań.
W wyniku prac modernizacyjnych prowadzonych w latach 2014–2015 „Kaper-1”, a w 2016 roku „Kaper-2” zaopatrzone zostały w specjalistyczne wyposażenie, przeznaczone do usuwania zanieczyszczeń z powierzchni wody.