Podstawa pokryta grubymi, długimi, białawymi włókienkami. Miąższ Zapach moczu. Cechy mikroskopowe Podstawki 22–30 × 7–8 µm, maczugowate, 4-zarodnikowe. Zarodniki 7–9,6 × 3,6–5,8 μm, Q = 1,4–1,8, Qav = 1,7, o kształcie od pipetowatego do fasolkowatego, gładkie amyloidalne. Cheilocystydy 27–80 × 9–20 × 0–5,5 µm, tworzące sterylne pasmo, baryłkowate, wrzecionowate, rzadziej cylindryczne, o wierzchołkach zwężonych w krótszą lub dłuższą szyjkę lub dzióbek, rzadziej bez szyjki. Pleurocystydy podobne. Strzępki włosków kapelusza o szerokości 1,5–3,5 µm, osadzone w galaretowatej materii, gładkie lub sporadycznie z pojedynczym, cylindrycznym guzkiem. Strzępki warstwy korowej trzonu o szerokości 2–3 µm, lekko żelatynizowane, gładkie, z kaulocystydami o kształcie od cylindrycznego do wrzecionowatego i długości do 100 µm. W strzępkach brak sprzążek lub są bardzo rzadkie. Gatunki podobne Grzybówka wiosenna jest łatwa do zidentyfikowania z powodu wczesnowiosennego pojawiania się owocników. Jej charakterystycznymi cechami są także cechy mikroskopowe: gładkie strzępki włosków, kaulocystydy, kształt zarodników i brak sprzążek. Mycena silvae-nigrae również występuje wiosną. Ma podobny brązowy kapelusz i zapach, również związana jest ze świerkiem, a nawet rośnie na zakopanych szyszkach świerka (choć bardzo rzadko).