Rozgrywka osadzona jest w głębinach oceanu. Gracz może odsłuchiwać komunikaty i zbierać pozostawione notatki, dzięki czemu rozwija wątek główny. Gracz zbiera materiały, buduje narzędzia, bazy, pilotuje okręty podwodne oraz bada naturę planety 4546B.
Subnautica obsługuje zestawy VR, takie jak HTC Vive czy Oculus Rift.
Fabuła Akcja gry Subnautica rozgrywa się pod koniec XXII wieku, kiedy ludzkość rozpoczyna kolonizować inne systemy gwiezdne. Statek kosmiczny Aurora, który należy do korporacji Alterra, zostaje wysłany do systemu na zewnętrznych krańcach znanej wówczas przestrzeni, a dokładniej do obszaru zwanego Ramieniem Ariadny. Jego główną misją jest zamontowanie bramy czasoprzestrzennej, jednakże nie jest to jego jedyne zadanie. Oprócz głównej misji ma również drugie zadanie, którym jest znalezienie i, jeżeli jest to możliwe, uratowanie zaginionej załogi statku Degasi, który rozbił się na planecie 4546B dziesięć lat wcześniej. Po tym jak Aurora wlatuje na orbitę planety 4546B, załoga traci całkowitą kontrolę nad statkiem przez impuls energetyczny, wskutek czego statek rozbija się na powierzchni. Niektórym członkom załogi udaje się ewakuować ze statku Aurora w trakcie spadania. Jedną z tych osób jest postać kontrolowana przez gracza.