Aby prześledzić proces wykluwania się jaj lewiatana cesarskiego prekursorzy ukradli jaja pokrewnemu gatunkowi, jakim jest lewiatański smok morski, aczkolwiek rodzic jaj podążył za prekursorami, powodując awarię placówki badawczej, a tym samym rozprzestrzenienie się bakterii Kharaa na planecie 4546B. Zmuszeni do ewakuacji prekursorzy włączyli system kwarantanny przy użyciu specjalnej platformy strażniczej, która zestrzeliwuje wszystkie statki próbujące wylądować lub wydostać się z orbity planety. Jak się okazało, to właśnie ta platforma spowodowała katastrofę statków „Degasi”, „Aurory” i „Sunbeam”.
Lewiatan cesarski zamknięty w specjalnej placówce poszukuje wolności dla swoich młodych, więc komunikuje się telepatycznie z graczem i pomaga mu odnaleźć placówkę w której jest przetrzymywany. Udziela on graczowi potrzebnych informacji jak wykluć i uwolnić młode. W rezultacie gracz wykluwa jaja, a w zamian zostaje wyleczony przez młode lewiatana cesarskiego.