W roku założenia, 4 grudnia 1996 Zarząd Główny ZZA i Zarząd Krajowy OZZL wspólnie podjęły uchwałę o utworzeniu konfederacji obu organizacji, na równych prawach z poszanowaniem własnej tożsamości, statutów i postulatów. Jedocześnie podjęto decyzję o wspólnym rozpoczęciu strajku lekarzy od 10 grudnia 1996.
Akcje protestacyjne i strajkowe ZZA inspirował akcje protestacyjne i strajki anestezjologów, początkowo wspólnie z OZZL. Jedna z pierwszych akcji polegała na powstrzymaniu się anestezjologów od planowych znieczuleń 28 lutego 1997. Trzy miesiące później, 22 maja 1997 została przeprowadzona ogólnopolska akcja protestacyjna Związku na dużą skalę. Był to dwugodzinny strajk ostrzegawczy. Po nim nastąpiły różnorodne akcje wraz z masowym rezygnacjami anestezjologów z pracy w wielu regionach kraju. Najostrzejszą formą tych działań były protesty głodowe. Anestezjolodzy domagali się zmian systemowych prowadzących do poprawy warunków pracy i wynagrodzenia. Wraz z OZZL i innymi medycznymi organizacjami związkowymi i samorządowymi, 7 kwietnia 1998 ZZA utworzył Komitet Obrony Reformy Ochrony Zdrowia (KOROZ).