Różnice między maszynami francuskimi i brytyjskimi polegały głównie na zastosowaniu innego wyposażenia awionicznego oraz odmiennego uzbrojenia strzeleckiego i rakietowego. Francuskie Jaguary były wyposażone w działka DEFA kalibru 30 mm, a brytyjskie w strzelające tą samą amunicja działka ADEN. Należące do Armée de l'Air maszyny wyposażono w pociski rakietowe R550 Magic, AS.37 Armat i AS30L Laser, podczas gdy należące do RAF-u maszyny posiadały pociski AIM-9 Sidewinder. Pozostałe uzbrojenie również było przeważnie różne z preferencjami na produkowane w kraju użytkownika. Najczęściej spotykane zestawy podwieszeń to: 3 dodatkowe zbiorniki paliwa o pojemności 1200 l każdy (konfiguracja do przebazowań). 8 bomb w wagomiarze ok. 500 lub 250 kg. 24 bomby o wagomiarze ok. 125 kg (250 funtów). 4 bomby wagomiaru ok. 500 kilogramów i dwa zbiorniki podwieszane 1200 l. 2 zasobniki z niekierowanymi pociskami rakietowymi, 4 bomby 500 kg i zbiornik 1200 l 2 pociski AS.30 i jeden AS.37 zasobnik rozpoznawczy