Wyloty spalin z silników odrzutowych usytuowane są powyżej stateczników poziomych i pomiędzy dwoma podwójnymi statecznikami pionowymi, dzięki czemu zredukowano źródło ciepła (sygnaturę), zmniejszając prawdopodobieństwo trafienia pociskami rakietowymi naprowadzanymi na podczerwień. Takie usytuowanie silników chroni je także częściowo przed ogniem obrony przeciwlotniczej, ponieważ podczas ataku zasłaniają je powierzchnie skrzydeł i usterzenia ogonowego.
Thunderbolt II może operować ze zbudowanych prowizorycznie baz blisko pola walki. Może być także w łatwy sposób obsługiwany i naprawiany dzięki posiadaniu unikalnej cechy wymienności prawych i lewych części, poczynając od elementów silników, podwozia głównego, a na statecznikach pionowych kończąc. Wbudowana drabinka umożliwia pilotowi wejście do kabiny bez pomocy obsługi naziemnej, a niskociśnieniowe ogumienie bardzo wytrzymałego podwozia głównego i małe obciążenie powierzchni skrzydła pozwalają na start i lądowanie na krótkich, prowizorycznych pasach startowych. Możliwe jest także użytkowanie go ze zniszczonych lotnisk.