Rok po śmierci Anny Fingerhutovej w pomieszczeniach U Halánků zostało otwarte dla publiczności muzeum, w którym zbiory zaprezentowano w trzech działach: technika gospodarstwa domowego, prezenty od podróżników i przedmioty sztuki użytkowej z Azji. Dwa lata po śmierci Anny Fingerhutovej, 25 lutego 1875 roku Josefa wyszła za mąż za Náprstka, biorąc ślub cywilny. Nadal pomagała mężowi, prowadząc w jego imieniu korespondencję z całym światem. Wychowała pięć sierot, opiekowała się biblioteką i zorganizowała zbiórkę na budowę pomnika Bożeny Němcovej na Wyszehradzie.
Pod koniec lat 70. XIX wieku zainicjowała zbiórkę czeskiej i słowackiej sztuki ludowej (zwłaszcza rękodzieła, kostiumów, koronek i haftów) dla Muzeum Przemysłu. Kolekcja ta należy najstarszych zbiorów działu etnograficznego Muzeum Narodowego. Po śmierci męża w 1894 roku przejęła zarządzanie muzeum i biblioteką. Przebudowała i powiększyła budynek muzeum. Rozbudowała kolekcję apelując o pomoc w gromadzeniu zbiorów do rodaków mieszkających w Stanach Zjednoczonych. Opublikowała ogłoszenia w czeskich dziennikach wychodzących w USA, zaproponowała zbieranie książek, czasopism, zdjęć, map i obiektów przyrodniczych i nowych wynalazków. Tysiące osób przekazywało eksponaty do Muzeum.