O ile uszkodzenia budynków klasztornych były niewielkie, to kościół został w 1945 zrujnowany. Zniszczeniu uległy dach i sklepienia, spłonął też barokowy hełm (odbudowany we wrześniu 2013 roku). Dawny kościół św. Klary przestropowano żelbetową płytą, skuwając resztki uszkodzonej barokowej dekoracji i wprowadzając podziały ścian sugerujące położenie dawnych gotyckich sklepień, po czym urządzono w nim Mauzoleum Piastów. Dawna boczna kaplica św. Jadwigi, która zachowała barokowy charakter, uzyskała w ten sposób rangę głównej przestrzeni sakralnej zespołu.
Architektura Nietypowa jest dyspozycja przestrzenna kościoła – jest on bowiem pozornie halowy, a właściwie jednonawowy, lecz przylega do niego od północy na całej długości kaplica o szerokości porównywalnej z szerokością nawy i jednakowej z nią wysokości. Obie niemalże równorzędne przestrzennie części kościoła zostały w czasach baroku podwyższone o kilka metrów i nakryte wspólnym dachem. Od południowego zachodu przylega do kościoła wieża, od końca XVII w.