Antyczna nazwa Heraklion (Ηράκλειον) została przywrócona w XIX w. Pochodzi ona od starożytnego zatopionego miasta portowego Heraklion, położonego w pobliżu Kanopskiego Ujścia Nilu, które pozostawało pod wodą aż do odkrycia w 2000 roku.
Klimat Heraklion znajduje się w strefie klimatu subtropikalnegoClimatic map by Istituto Geografico De Agostini.Die Klimatypen der Erde – Pädagogische Hochschule in Heidelberg. typu śródziemnomorskiego, z bardzo łagodnymi zimami i długimi, ciepłymi latami. Średnia roczna temperatura wynosi 22 °C w dzień i 15 °C w nocy.
Średnia temperatura dwóch miesięcy zimowych – stycznia i lutego – wynosi 15–16 °C w dzień i 9 °C w nocy, a średnia temperatura morza wynosi 15–16 °C. Opady śniegu i mróz nie występują. Średnia temperatura ośmiu miesięcy letnich, od kwietnia do listopada, wynosi prawie 25 °C w dzień i 17 °C w nocy. W dwóch najcieplejszych miesiącach roku – lipcu i sierpniu, średnia temperatura wynosi około 29 °C w ciągu dnia, i około 22 °C w nocy, a średnia temperatura morza wynosi ok. 25 °C.