W 1953 został zastępcą profesora i kierownikiem Zakładu Geologii Złóż Węgla w Katedrze Złóż Węgla AGH, w 1954 objął funkcję docenta. W latach 1958–1960 i 1962-1964 był prodziekanem Wydziału. W 1959 objął stanowisko kierownika Katedry Złóż węgli i zajmował je do 1969, a po reorganizacji Wydziału Geologiczno-Poszukiwawczego stał na czele Zakładu Złóż Węgla Kamiennego. W 1963 uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego, w 1974 profesora zwyczajnego. W 1984 przeszedł na emeryturęIreneusz Lipiarski, Stanisław Stopa (1914-1997), Kronika Polskiego Towarzystwa Geologicznego 1998 s. 297-298.
Został pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (kwatera XXVIIIb, rząd 8, miejsce 7).
Praca naukowa Prof. Stanisław Stopa w pierwszym okresie kariery naukowej prowadził badania paleobotaniczne i fitostratygraficzne dotyczące utworów westfalu i górnego marmuru w Górnośląskim Zagłębiu Węglowym. Następnie prowadząc badania stratygraficzne i surowcowo-geologiczne opracował profil warstw porębskich oraz zbadał pod względem geologicznym poziom iłu montmorylonitowego w okolicach Bytomia. Ponadto wielokrotnie podejmował problem wyrzutów gazów i skał występujący w Dolnośląskim Zagłębiu Węglowym. Prowadził badania budowy geologicznej różnych rejonów Górnośląskiego Zagłębia Węglowego, ich wynikiem było opracowanie tektoniczne obszaru Zabrze-Chorzów-Bytom.