Równocześnie od 1959 do 1962 pracował w Zakładzie Łowiectwa Instytutu Badawczego Leśnictwa, prowadził także zlecone ćwiczenia z zoologii i parazytologii na Wydziale Farmaceutycznym Akademii Medycznej w Warszawie. Od listopada 1961 do maja 1962 przebywał na stażu naukowym w Ałma-Acie i w Moskwie, w tym samym roku przebywał przez dwa miesiące w Wietnamie Północnym jako specjalista z ramienia Polskiej Akademii Nauk. Prowadził szkolenia wietnamskich parazytologów z rozpoznawania i zwalczania chorób inwazyjnych domowych przeżuwaczy. W grudniu 1964 został służbowo delegowany do Zakładu Parazytologii PAN. W 1966 przebywał przez 2,5 miesiąca w Mongolii, a następnie powrócił do Warszawy habilitował się. W 1970 odbył roczny staż we Francji na Uniwersytecie w Rennes, gdzie m.in. prowadził prace nad nicieniami. W 1974 Rada Państwa nadała Janowi Dróżdżowi tytuł profesora nadzwyczajnego nauk przyrodniczych, dwa lata później został powołany na stanowisko kierownika Pracowni Filogenetyki i Ontogenetyki Pasożytów Ssaków (od 1981 Pracownia Filogenetyki i Ewolucji, od 1988 Pracownia Pasożytów Ssaków, od 1997 Pracownia Parazytoz Zwierząt Dzikich) i zajmował je do 2002. W latach 1980–1981 uczestniczył w wyprawie antarktycznej na Stację im. Arctowskiego, gdzie zgromadził bogatą kolekcję robaków pasożytniczych z ptaków i ssaków.