Pod koniec sierpnia 1942 roku pierwszy komendant obozu zagłady w Sobiborze, Franz Stangl, został przeniesiony na stanowisko komendanta obozu zagłady w Treblince. Decyzją kierownika akcji „Reinhardt”, SS-Brigadeführera Odilo Globocnika, na stanowisku komendanta Sobiboru zastąpił go Reichleitner. Po przybyciu do obozu zaprowadził znacznie surowszą dyscyplinę niż poprzednik. Unikał kontaktu z żydowskimi więźniami oraz sporadycznie uczestniczył w przyjmowaniu transportów, stąd we wspomnieniach ocalonych jego osoba pojawia się stosunkowo rzadko. Został zapamiętany jako alkoholik i wręcz obsesyjny antysemita. Szlomo Szmajzner wspominał, że Reichleitner lubił okazywać swoją władzę zarówno żydowskim więźniom, jak i członkom załogi, którzy traktowali go z wyraźnym respektem. Więźniowie nadali mu przydomek Trottel (niem. „idiota”), gdyż było to słowo, którym najczęściej się do nich zwracał.