w Australian Open w decydującym meczu nie sprostała Niemce Steffi Graf (3:6, 4:6). Sezon 1990 zakończyła na 4. miejscu w rankingu światowym, co stanowiło jej najwyższe miejsce w karierze. Po raz drugi była w finale Australian Open w 1992, tym razem ulegając w decydującym meczu Monice Seles (2:6, 3:6). Również w Australian Open, ale w 1991, zaliczyła pierwsze wielkoszlemowe zwycięstwo, sięgając po tytuł w deblu w parze z Patty Fendick.
Szczególne miejsce w karierze Fernández zajmuje turniej French Open w 1993. Nie tylko osiągnęła trzeci finał singlowy w Wielkim Szlemie (tym razem przegrywając z Graf w trzech setach), ale przede wszystkim zapisała się w pamięci kibiców niezwykłym odwróceniem losów spotkania w ćwierćfinale; jej przeciwniczka Argentynka Gabriela Sabatini nie wykorzystała prowadzenia 6:1, 5:1 i pięciu piłek meczowych, by ostatecznie przegrać 1:6, 7:6, 10:8. W półfinale Fernández pokonała wyżej notowaną Hiszpankę Arantxę Sánchez Vicario.