9 września podczas przelotu na lotnisko Wielick uległ uszkodzeniu jeden z silników jego łosia, podczas przymusowego lądowania samolot skapotował na polach wsi Humeńce koło Kowla. Załoga nie odniosła obrażeń i 12 września dołączyła do dywizjonu. Otrzymała łosia (nr 72.118) pochodzącego z uzupełnień i 16 września wzięła udział w ataku na niemiecką kolumnę pancerną w rejonie Zamość – Hrubieszów.
Po agresji ZSRR na Polskę 17 września odleciał z lotniska Buczacz na nowe lotnisko Bohorodyszcze. 18 września przeleciał do Czerniowiec w Rumunii. Następnie, przez lotnisko Jassy, został skierowany do Bukaresztu. Po wylądowaniu załogi zostały rozbrojone, ale Józefowi Wójcikowi udało się uniknąć internowania. W polskiej ambasadzie uzyskał paszport i 15 października na pokładzie statku „Aghios Nicolaos” odpłynął do Bejrutu. Stąd, na pokładzie statku „Ville de Strasbourg”, wyruszył do Francji. 29 października dotarł do Marsylii, od 5 listopada przebywał w Obozie Oficerów Lotnictwa w Salon-de-Provence. Po podpisaniu polsko-brytyjskiej umowy wojskowej zgłosił się ochotniczo do służby w Royal Air Force.