Oskarżenia o czary powracały w regionach górskich Nawarry jeszcze przez kolejnych kilkanaście lat, jednak w świetle zachowanej dokumentacji miejscowa inkwizycja stosowała się do zaleceń Supremy.
Przez większą część XVI wieku (od 1539 do ok. 1600) głównym obiektem zainteresowań inkwizytorów Nawarry byli prawdziwi bądź domniemani protestanci. W praktyce byli to głównie cudzoziemcy – Francuzi oraz angielscy i flamandzcy kupcy i żeglarze. Szczególną podejrzliwość budzili Francuzi, z uwagi na toczącą się w ich kraju wojnę religijną i bliskość domen wodza francuskich kalwinistów Henryka z Nawarry. W 1539 w Bilbao spalono protestanta z Anglii, a w latach 1565-1599 pod zarzutem protestantyzmu spalono na stosie 18 Francuzów i jednego Anglika. W latach 1584–85 doszło także do procesów przeciwko nawarskim moryskom, w wyniku których stracono aż 30 osób oskarżonych o potajemne praktykowanie islamu. Z kolei w latach 1598-1601 skazano 48 kryptożydów z Genevilli (w tym 4 stracono i 14 wysłano na galery).