W 2000 roku do silnika Diesla 1,9 l dołączył nowy silnik wysokoprężny 2,0 HDI o pojemności 1997 cm³, technologią common rail i mocy 90 KM. W plebiscycie na Europejski Samochód Roku 1999 model zajął 3. pozycję (za Fordem Focusem i Oplem Astrą G).
W 2001 roku zaprezentowano nową wersje nadwoziową: 5-drzwiowe kombi zwane SW. Pojawił się też nowy szesnastozaworowy silnik benzynowy o pojemności 1587 i mocy 109 KM, zastępując jednostkę o mocy 90 KM. Silnik 1,9D zastąpiono nową jednostką 1,4 HDI o poj. 1398 cm³ (68 KM), jednakże jednostka 1,9D była dostępna do roku 2003. Do modeli wprowadzono instalację multipleksową (skrót: MUX).
W 2003 roku 206-ka przeszła niewielki facelifting. Zastosowano gładkoszybowe przednie reflektory H7 (wcześniej tylko w wyższych wersjach wyposażenia), nowe lampy tylne oraz zderzaki, modyfikacje podwozia, lepsze materiały wykończeniowe oraz bogatsze standardowe wyposażenie. Pojawiła się też usportowiona wersja RC z silnikiem 2,0 l o mocy 177 KM. Rok później silnik 1,4 l oprócz wersji 75-konnej otrzymał wersję o mocy 90 KM. Pojawił się też jeszcze jeden diesel 1,6 HDI (1560 cm³) i mocy 110 KM.
W 2005 roku zaprezentowano wersję sedan, która jest produkowana przez kompanię Iran Khodro z Iranu. Zmniejszono także ilość wersji wyposażenia oraz gamę silników.