W 2022 r. do placówki przeniesiono część oddziałów ze Szpitala Solec, znajdującego się w dzielnicy Śródmieście. W tym samym roku oddziałowi neonatologii nadano imię Wielkiej Orkiestry Świątecznej Pomocy, która przekazała szpitalowi sprzęt do leczenia i ratowania życia noworodków. W 2023 r., na podstawie umowy podpisanej przez miasto z Uniwersytetem Warszawskim, Szpital Południowy stał się szpitalem patronackim tej uczelni.
W 2024 r. w szpitalu otwarto miejską poradnię leczenia niepłodności.
Kontrowersje W czerwcu 2026 r. szpital stał się przedmiotem kontrowersji po publikacji portalu zero.pl dotyczącej Dawida Kacprzyka, lekarza, koordynatora szpitalnego oddziału ratunkowego (SOR) i radnego dzielnicy Ursus z ramienia Koalicji Obywatelskiej. Według ustaleń dziennikarzy miał on w 2025 r. zarobić w placówkach medycznych ok. 1,6 mln zł, a na kierowanym przez niego oddziale politycy Koalicji Obywatelskiej i członkowie ich rodzin mieli być przyjmowani poza kolejnością.