Galery przybyły na Maltę 7 maja 1592.
Zaraza rozprzestrzeniała się na Malcie różnymi falami, z których pierwsza rozpoczęła się w czerwcu 1592. Kiedy wybuchła epidemia, początkowo uznano ją za chorobę weneryczną. Epidemia ustąpiła do września, ale druga fala rozpoczęła się w listopadzie. Sytuacja ustąpiła do stycznia 1593 i sądzono, że epidemia się skończyła. Trzecia i ostatnia, ale najpoważniejsza fala rozpoczęła się w marcu 1593 i szybko rozprzestrzeniła się po całej wyspie. Epidemia zakończyła się ostatecznie we wrześniu 1593. Przeciwdziałanie thumb|Lazzaretto na Isolotto (dziś Manoel Island), zbudowane w XVII wieku na miejscu szpitala izolacyjnego używanego podczas epidemii 1592–1593 W 1592 roku Infermeria delle Schiavi w Birgu, szpital dla galerników-niewolników, w którym wcześniej mieściła się Sacra Infermeria przed przeniesieniem do Valletty w 1575, został przekształcony w szpital izolacyjny. Kiedy epidemia malała na początku 1593, pacjentów przeniesiono do prywatnego domu, a tymczasowy szpital został zamknięty w lutym.