W stolicy zabijano psy, zaś kotów nie, ponieważ uznano je za przydatne w kontrolowaniu populacji szczurów, mimo że w tamtym czasie nie było wiadomo, że są one przyczyną choroby.
Przed czerwcem 1593 epidemia zaczęła ustępować, zaczęto oczyszczać wyspę, aby usunąć wszelkie ślady choroby, które mogłyby pozostać. Tymczasowy szpital został zburzony w październiku 1593, a w styczniu 1594 uznano, że wyspa jest definitywnie wolna od zarazy. Wpływ zarazy na wyspę Liczba ofiar śmiertelnych i wpływ na demografię Uważa się, że liczba ofiar epidemii wyniosła około 3000 osób, co stanowiło 11% populacji wysp.
Wiele małych wiosek lub osad straciło podczas epidemii większość swojej populacji, a później zostało porzuconych lub wchłoniętych przez pobliskie miejscowości. Cmentarze W czasie epidemii dżumy w latach 1592–1593 zmarłych chowano nie w kościołach, ale na zewnętrznych cmentarzach dżumowych, które utworzono specjalnie do walki z epidemią. Był to pierwszy odnotowany przypadek, kiedy takie cmentarze zostały założone na Malcie, podobne cmentarze powstały również w późniejszych poważnych wybuchach choroby, jak np. w latach 1675–1676 i 1813–1814. Pozostałości Epidemia dżumy wybuchła ponownie na Malcie w 1623, chociaż była znacznie mniejsza niż ta z lat 1592–1593.