21 lutego 2011, na początku libijskiej wojny domowej, dwa myśliwce libijskich sił powietrznych uciekły na Maltę zamiast bombardować protestujących w Bengazi. Odmowa rządu maltańskiego ekstradycji pilotów lub zwrotu samolotów do Libii szybko sprawiła, że państwo wyspiarskie stało się nieprzyjaznym sąsiadem rządu Kaddafiego w trakcie powstania libijskiego. Malta koordynowała również ewakuację dziesiątek tysięcy pracowników zagranicznych, którzy zostali uwięzieni w czasie konfliktu, i odegrała mniejszą rolę w późniejszej międzynarodowej interwencji w konflikcie. 11 marca jeden z kuzynów Kadafiego próbował przekupić funkcjonariuszy maltańskich sił powietrznych, aby kupić paliwo do silników odrzutowych.

Era po rządach Kaddafiego (2011–obecnie) Po obaleniu Muammara Kaddafiego stosunki z obu stron nadal się zacieśniają. Rząd maltański we współpracy z zaoferował stypendia libijskim studentom. Toczą się również dyskusje na temat nielegalnych migracji. We wrześniu 2013 zawarto umowę na zakup przez Maltę surowego oleju, ropy naftowej, paliwa lotniczego i LPG po stałej cenie. Pewna kwestia i obszar poszukiwań ropy naftowej, do którego zgłaszają pretensje oba kraje, zostały omówione przez obie strony, zgadzając się na wspólne poszukiwanie ropy. Malta pomoże również Libii w transporcie i lotnictwie cywilnym.