Kaplica stała się kościołem parafialnym w 1728, a 28 czerwca 1729 Michele Angelo Pisani został jego proboszczem.
W czasie, gdy fort był obsadzony przez joannitów, codziennie w kaplicy odprawiano dwie msze święte. W XVIII wieku dwa bractwa, pod wezwaniem św. Antoniego oraz św. Anny, miały pozwolenie na spotkania w kaplicy. Zostały one później połączone w jedno bractwo św. Anny i nadal korzystało z kaplicy aż do 1775, kiedy po „powstaniu księży” ta została zamknięta dla publiczności.
Piazza fortu Manoel, w tym kaplica i pomnik Antonio Manoela de Vilheny, był tematem najwcześniejszych znanych zdjęć Malty, wykonanych w 1840 przez Horace Verneta w czasie, gdy był poddawany kwarantannie w pobliskim Lazzaretto. Jest udokumentowanym, że zdjęcia zostały zrobione w obecności grupy gości, w tym gubernatora , ale dziś one same wydają się być utracone.
Podczas II wojny światowej kaplica została trafiona podczas bombardowania lotniczego w 1942. Około dwie trzecie budynku zostało zniszczone, a część ocalałej kamieniarki została skradziona po wojnie. Krypta kaplicy pozostała nienaruszona, ale została zdewastowana, gdy fort został opuszczony po wycofaniu z eksploatacji w 1964.