Zaraza dotarła na Wyspy Maltańskie przez zarażonych członków załogi na pokładzie statków płynących z Aleksandrii na Maltę. „San Nicola” (lub „St. Nicholas”), maltańska brygantyna pływająca pod brytyjską flagą, opuściła Aleksandrię 17 marca 1813, a dwóch członków załogi zachorowało tydzień po wyjściu statku z portu. Statek przybył na Maltę w dniu 28 marca i został poddany dwutygodniowej kwarantannie w porcie Marsamxett. Wysłano strażników, aby upewnić się, że nie ma komunikacji między statkiem a brzegiem. Dwa inne statki, które również przybyły na Maltę z Aleksandrii 28 marca, brytyjska brygantyna „Nancy” i hiszpańska polacca „Bella Maria”, również miały na pokładzie przypadki dżumy. Dwóch członków załogi z „Nancy” było zarażonych, podczas gdy jeden członek załogi „Bella Maria” zmarł na tę chorobę.
Po podjęciu standardowych środków ostrożności, w dniu 29 marca załoga „San Nicola” została zabrana do Lazzaretto na pobliskiej Manoel Island. W dniu 1 kwietnia kapitan statku Antonio Maria Mescara zachorował, a dzień później również sługa, który opiekował się dwoma zarażonymi członkami załogi statku. Mescara i sługa zmarli 7 kwietnia, a ich zwłoki zostały zbadane, co potwierdziło podejrzenia, że zmarli na dżumę.