Panika ogarnęła całą Vallettę, a wielu ludzi opuściło miasto i udało się na wieś lub wsiadało na statki, aby opuścić wyspy. Większość Brytyjczyków i niektórzy Maltańczycy odizolowali się w swoich domach. W tamtym czasie jedyną osobą, która chorowała był Borg, został on przeniesiony do Lazzaretto, ale wkrótce zmarł. Do 7 maja pojawiło się wiele podejrzanych przypadków, ale choroba początkowo rozprzestrzeniała się powoli, tak że ludzie zaczęli wątpić w jej istnienie. Epidemia nasiliła się 16 maja, kiedy ojciec Borga zachorował i zmarł, a w Valletcie odnotowano wiele nowych przypadków, zwłaszcza na Strada Reale, Strada San Cristoforo, Strada San Giuseppe, Strada Pozzi i Strada San Giovanni. Do 17 maja choroba rozprzestrzeniła się po całym mieście. Strażnicy, którzy ukradli pościel, a także ci, którzy przechowywali i kupowali skradzione towary, byli jednymi z pierwszych osób, które zaraziły się dżumą i zmarły.
Rozprzestrzenianie się na pozostałą część Malty thumb|Giornale di Malta, wydanie z 19 czerwca 1813, odnoszące się do rozprzestrzeniania się dżumy