Zbiory rapperswilskie zgromadzone przez pierwsze dziesięciolecia istnienia Muzeum przewieziono w 1927 r. do niepodległej Polski. Znaczna część z nich, w tym zwłaszcza archiwalia, uległa zniszczeniu w czasie II wojny światowej.
W okresie II Rzeczypospolitej placówka funkcjonowała pod nazwą “Muzeum Polski Współczesnej”, a jej działalność skupiała się na prezentowaniu współczesnej kultury i sztuki Polski.
Niekorzystny dla Muzeum w Rapperswilu okres rozpoczął się po 1945 r. w związku z polityką władz komunistycznych w kraju, które dążyły do przejęcia kontroli nad tą placówką. Likwidacja dotychczasowych działów muzealnych doprowadziła do konfliktu z gminą rapperswilską, która na znak protestu wypowiedziała umowę dzierżawną, zaś na skutek decyzji szwajcarskiego Sądu Najwyższego Muzeum zostało zamknięte w 1951 r. Rok później zbiory rapperswilskie ponownie przewieziono do kraju, gdzie zostały rozproszone w różnych instytucjach. Sytuacja Towarzystwa uległa poprawie dopiero w latach 70. Uroczyste otwarcie zorganizowanej na nowo placówki nastąpiło 21 czerwca 1975 r. Od tego momentu zbiory Muzeum powiększały się m.in. o liczne dary emigrantów z różnych krajów świata.