Heiki Sarapuu (ur. 11 grudnia 1965 w Valdze) – estoński lekkoatleta.
Sport zaczął trenować w szkole podstawowej za namową ojca, który był nauczycielem wychowania fizycznego, natomiast regularne treningi rozpoczął w liceum, a jego trenerem został Raimond Luts. Następnie jego trenerami byli Olav Karikosk, Toomas Turb i Meelis Minn. W latach 1984–2001 był członkiem estońskiej kadry.
W 1993 roku zdobył srebrny medal igrzysk bałtyckich w biegu na 5000 m z czasem 14:44,52 s. W 1994 roku wystąpił na mistrzostwach świata w półmaratonie, na których zajął 108. miejsce indywidualnie i 22. drużynowo. W 1997 wystartował na mistrzostwach świata w biegach przełajowych, na których był 194. indywidualnie i 23. drużynowo. Rok później na tych samych zawodach uplasował się na 123. pozycji indywidualnie i 23. drużynowo. W 1999, 2000 i 2001 startował na krótszym dystansie i zajmował odpowiednio 89., 129. i 114. miejsce.
Dziewięciokrotny mistrz Estonii w biegach przełajowych z lat 1989, 1990, 1992, 1993 i 1996–2000, wicemistrz z 1988, 1995 i 2003 roku, a także z 2001 roku na krótszym dystansie 4 km oraz brązowy medalista z 1987 i 1991 roku.