Pierwsze wystawy zorganizowano w miejscowym technikum. Po śmierci P.S Krøyera w 1909 roku jego dom na Plantacji Skagen służył jako tymczasowa siedziba muzeum. W 1919 roku Degn Brøndum podarował stary ogród swojego hotelu na budowę muzeum. Jego projekt został powierzony architektowi Ulrikowi Plesnerowi, który był aktywnym członkiem społeczności artystycznej w Skagen i zaprojektował już szereg budynków w okolicy. Budynek został sfinansowany przez połączenie funduszy od prywatnych darczyńców i fundacji (Degn Brøndum, Laurits Tuxen, Ny Carlsberg Foundation). Budowę rozpoczęto w 1926 roku, a nowe muzeum zostało oficjalnie otwarte 22 września 1928 roku.
W 1982 roku sale wystawowe zostały powiększone o dobudówkę zaprojektowaną przez królewskiego geodetę, architekta Jacoba Blegvada. Blegvad zaplanował również późniejszą rozbudowę muzeum, które została zainaugurowana w 1989 roku.
W 1997 roku, administracja muzeum przeniosła się w mury szkoły technicznej„Skagens Museum”, dostęp: 19 sierpnia 2010..
Kolekcje i specjalne wystawy mały|Jedna z galerii Muzeum dysponuje ponad 1800 dziełami sztuki.