Autorzy ci wywodzą nazwę rodzajową od miejscowości Villa El Chocón, gdzie znaleziono holotypowy okaz. Do nazwy tej dołączyli wyraz saurus pochodzący z greki i oznaczający jaszczura. W rodzaju umieścili gatunek Choconsaurus baileywillis, którego epitet gatunkowy upamiętnia północnoamerykańskiego geologa nazwiskiem Bailey Willis, który eksplorował Patagonię na początku XX wieku. Wspomniane znalezisko z Villa El Chocón obrano za holotyp nowego taksonu, ustanowiono również paratypy.
Przeprowadzona analiza filogenetyczna pozwoliła umiejscowić zwierzę na drzewie rodowym zauropodów. Ta grupa wielkich dinozaurów poza grupami bazalnymi dzieli się na dwie główne linie: diplodokokształtne i Macronaria. Ta ostatnia obejmuje grupę Titanosauriformes, który to klad, zawierający Choconsaurus, obejmuje zgodnie z definicją brachiozaura i Titanosauria, co oznacza, że zaliczają się do niego brachiozaury, euhelop i Titanosauria. Te dwa ostatnie tworzą razem klad Somphospondyli. Do niego zalicza się też Choconsaurus. Titanosauria definiuje się jako Titanosauriformes bliższe saltazaurowi niż brachiozaurowi czy euhelopowi. Grupa ta łączy Saltasauridae, Nemegtosauridae i Malawisaurus.