Wnętrze nakrywają sklepienia krzyżowo-żebrowe, wsparte na filarach i ozdobione dekoracją floralną. Polichromia z początku XX wieku zawiera cytaty łacińskie oraz przedstawienia biblijne, m.in. scenę ofiary Melchizedeka oraz wizerunek św. Alojzego Gonzagi.
Wyposażenie
Wyposażenie świątyni utrzymane jest głównie w stylistyce neogotyckiej. W ołtarzu głównym znajduje się nisza relikwiarzowa oraz przedstawienie św. Heleny z krzyżem.
W północnym ołtarzu bocznym umieszczono obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem z 1862 roku, flankowany figurami św. Dominika i św. Franciszka z Asyżu. Ołtarz południowy ma formę tryptyku i zawiera figury św. Barbary, św. Mikołaja oraz św. Katarzyny Aleksandryjskiej.
Jednym z najcenniejszych elementów wyposażenia są neogotyckie witraże wykonane około 1888 roku w pracowni Wilhelma Mayra w Koblencji. Przedstawiają tajemnice różańca i należą do najlepiej zachowanych zespołów witrażowych na Warmii.
W kościele zachowały się również: neogotycka ambona, granitowa chrzcielnica, organy z końca XIX wieku oraz ława gdańska z XVII wieku.
Sanktuarium Krzyża Świętego
W 2002 roku parafia otrzymała relikwie Krzyża Świętego, przekazane przez papieża Jana Pawła II.