Kariera trenerska Horst Wohlers po zakończeniu kariery piłkarskiej rozpoczął karierę trenerską. W latach 1986–1987 trenował TuS Paderborn-Neuhaus, a w latach 1987–1989 był najpierw asystentem swojego byłego kolegi z Borussii Mönchengladbach – Rainera Bonhofa w występującym w Bundeslidze Bayerze Uerdingen, a potem został pierwszym trenerem klubu. W sezonie 1989/1990 klub zakończył rozgrywki ligowe na 14. miejscu. W tamtym czasie na konferencji prasowej Dansk Boldspil-Union (Duński Związek Piłki Nożnej) był przedstawiany jako następca Seppa Piontka na stanowisku selekcjonera reprezentacji Danii. Ponieważ Bayer Uerdingen nie zgodził się na przedwczesne rozwiązanie umowy, nowym selekcjonerem reprezentacji Danii został Richard Møller Nielsen. W sezonie 1990/1991 prowadził klub w 14 meczach, zanim pod koniec listopada 1990 roku został zastąpiony przez Timo Konietzkę. Do Bundesligi wrócił jeszcze w tym samym sezonie, zastępując 19 lutego 1991 roku Helmuta Schulte na stanowisku trenera FC St. Pauli, w którym Wohlers grał w latach 1969–1975. Jednak z 4 zwycięstwami, 6 remisami i 7 porażkami klub zakończył rozgrywki ligowe na 16.