Podpułkownik Kapitz spodziewał się, że główny desant nastąpi w zatoce Baguala, w pobliżu miasteczka Paso. Uderzenie w tym miejscu pozwoliłoby bowiem Japończykom szybko opanować miasto i port Ambon, a zarazem przeciąć wyspę w jej najwęższym punkcie. Holenderski dowódca skoncentrował więc w tym rejonie swoje główne siły. Australijskie kompanie „A” i „D” oraz pluton z kompanii „B”, wsparte przez jedną kompanię holenderską, broniły zachodniego wybrzeża półwyspu Laitimor w południowej części wyspy. Tam też ulokował swoje stanowisko dowodzenia ppłk Scott. Z kolei kompania „C” pod dowództwem mjr. Marka Newbury’ego wraz z pozostałymi pododdziałami kompanii „B”, którą dowodził kpt. Douglas Perry, zostały rozlokowane na półwyspie Hitu w północnej części wyspy. Razem z około 300 żołnierzami holenderskimi miały bronić lotniska Laha.
26 stycznia australijski samolot rozpoznawczy dostrzegł japoński konwój, który zmierzał w kierunku Ambonu. Trzy dni później wyspę opuściły ostatnie bombowce Lockheed Hudson z australijskiego 13. Dywizjonu. Na ich pokładach ewakuowano większość personelu Royal Australian Air Force.