Od tej chwili składki (2–4 ruble miesięcznie) słuchaczek kursów były przeznaczane na honoraria dla wykładowców różnych grup i działalność tajnej Czytelni Naukowej. System opłat sprawiał, że z wykładów Uniwersytetu Latającego mogła korzystać przede wszystkim zamożniejsza młodzież. Miesięczny koszt słuchania wykładów z dwóch przedmiotów był bowiem niewiele niższy od pensji nauczyciela szkoły początkowej. Dzięki temu uniwersytet był instytucją samowystarczalną, utrzymującą się wyłącznie z opłat wnoszonych przez słuchaczki. Nie korzystał z żadnej ofiarności tak społecznej, jak indywidualnej. Słuchaczkom dawał wiedzę, i to dość gruntowną, a wielu polskim uczonym główne źródło utrzymaniaLudwik Krzywicki, Wspomnienia, t. I, Warszawa 1957, s. 345..
Uniwersytet otrzymał nazwę „Latającego” od częstych zmian lokali, w których odbywały się wykłady. Względy konspiracyjne decydowały o konieczności organizowania zajęć dla małych grup słuchaczek (od 10–15 osób) w mieszkaniach profesorów oraz rodziców studentek, a także w pomieszczeniach tajnych prywatnych pensji żeńskich. Zarząd uczelni był wybierany spośród słuchaczek. Funkcję doradczo-wykonawczą pełniły kasjerki, które pobierały opłaty, wypłacały wynagrodzenia profesorom oraz udzielały informacji na temat miejsc spotkań. Jak wspominał Ludwik Krzywicki: J.