Podczas II wojny światowej w pałacu mieścił się Państwowy Komitet Obrony ZSRR, aparat Prezydium Rady Najwyższej ZSRR i Rada Komisarzy Ludowych. Po śmierci Stalina w 1953 roku Nikita Chruszczow urządził swój gabinet na drugim piętrze pałacu, zajmował on 100 m². W 1972 roku w budynku mieściły się biura Sekretarza Generalnego KC KPZR i pracowników Wydziału Generalnego KC KPZR, pokój rekreacyjny, małe biuro, sala przyjęć, Sala Orzechowa, sala posiedzeń Biura Politycznego, archiwum i grupa Sektora Specjalnego Departamentu Generalnego KC KPZR. W 1985 roku do pałacu przeniósł się Michaił Gorbaczow, dla którego urządzono nowe mieszkania na drugim piętrze.
25 grudnia 1991 roku miejsce flagi sowieckiej na kopule zajęła flaga rosyjska, którą później zastąpił sztandar prezydencki. Odnowę budynku rozpoczęto w tym samym roku. Sala Katarzyny i Sala Owalna zachowały swój historyczny wygląd, pozostałe zostały przebudowane zgodnie z pierwotnym stylem Matwieja Kazakowa.