Ochrona i administracja One Tree Island położona jest w Parku Narodowym Capricornia Cays. Razem z wyspami Wreck, Hoskyn i Fairfax znajduje się w wydzielonej strefie parku, Special Management Area, gdzie zabroniona jest turystyka i rekreacja. Dostęp do terenu rafy przyznawany jest jedynie w związku z działalnością naukową dopuszczaną przez Nature Conservation Act. Wyspa stanowi ostoję dzikiej przyrody na mocy Fauna Conservation Act z 1952. Podobnie jak na Heron Island, na One Tree Island znajduje się stacja badawcza należąca do University of Sydney. Muzeum Australijskie przejęło wyspę w dzierżawę (a od kilku lat prowadziło badania na jej terenie) na okres 1969–1971 za sprawą Franka Talbota, ówczesnego dyrektora muzeum. W 1971 rozpoczęto budowę stacji. Działa od 1976 roku, jednak University of Sydney zarządza terenem wyspy już od 1974.